按不同的分类条件将堆肥分为如下5类：

1、按微生物对氧的需求分为好氧堆肥和厌氧堆肥。好氧堆肥是依靠专性和兼性好氧微生物的作用使有机物降解的生化过程，其分解速度快，周期短。厌氧堆肥是依靠专性和兼性厌氧微生物的作用使有机物降解的过程，其分解速度慢，发酵周期长。目前采用的大多是好氧堆肥。

2、按温度要求划分为中温堆肥和高温堆肥。中温堆肥发酵温度为14~45°, 不能达到无害化目的，目前很少釆用该方法。高温堆肥发酵温度为50〜65°C，最高可达80〜90C，是目前釆用最多的发酵方法。

3、按堆肥过程中物料运动形式分为静态堆肥和动态堆肥。静态堆肥堆体建成后不进行翻倒，直到堆肥腐熟后运出。动态堆肥釆用连续或间歇进料或出料动态机械堆肥方式，发酵效率高。

4、按堆肥堆制方式分为条垛式堆肥和槽式堆肥。条垛式堆肥是物料在开放式场地堆成条垛进行发酵，釆用履带式机械翻抛机翻堆。槽式堆肥是物料装进固定的池子内封闭，用顶部轨道式翻抛机翻堆。

5、按发酵历程分为一次发酵和二次发酵。一次发酵是从发酵开始，经中温期、高温期然后到降温期。二次发酵是经过一次发酵后，堆肥物料中的大部分易降解的有机物质已经被微生物降解，但还有一部分易降解和大量难降解的有机物存在，需将其进-步发酵，使之变成腐植酸、氨基酸等比较稳定的有机物达到腐熟。