(1)有机肥含有大量有机质，具有改土培肥作用；化肥只能为作物提供无机养分，长期施用会对土壤造成不良影响，使土壤“越来越贪馋”。
(2)有机肥含有多种养分，有机肥所含养分均衡；而化肥所含养分种类单一，长期施用容易导致土壤和食物中养分的不平衡。
(3)有机肥养分含量低，需要大量施用，而化肥养分含量高，施用量低。
(4)有机肥肥效时间长；化肥肥效期短而猛，容易造成养分流失和环境污染。
(5)在生产加工过程中，有机肥腐熟处理，能提高作物的抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药用量。长期施用化学肥料往往需要大量的化学农药来维持作物生长，容易导致食物中有害物质的增加。
(6)有机肥含有大量有益微生物，能促进土壤中的生物转化过程，有助于持续提高土壤肥力；长期施用化肥会压制土壤微生物的活动，导致土壤自我调节能力下降。